Análisis de la expresión génica de genes de referencia en tejido adiposo teniendo en cuenta el sexo como variable biológica
Valencia, 19/04/2023.- Un estudio interdisciplinar liderado por el Laboratorio de Biomedicina Computacional y el Laboratorio de Neuroendocrinología Molecular del CIPF identifica genes “housekeeping” o de referencia para experimentos en tejido adiposo blanco, con un perfil diferente de activación entre hombres y mujeres.
El sexo es una importante variable biológica que hasta el momento no se ha tenido en cuenta en la normalización de los datos moleculares en experimentos biológicos del tejido adiposo. Los resultados indicaron que marcadores que clásicamente se habían utilizado como genes de referencia, presentan un perfil diferente de expresión entre hombres y mujeres (18S), mientras que otros (RPL19, PPIA) sí son buenos genes de referencia a la hora de comparar la expresión génica del tejido adiposo blanco en hombres y mujeres tanto en el grupo control como en pacientes obesos.
El tejido adiposo blanco juega un papel fundamental en el desarrollo de enfermedades metabólicas incluyendo la obesidad y la diabetes de tipo2. La mayoría de los estudios transcripcionales implican el uso de genes de referencia (genes que se expresan de forma estable y constitutiva) para poder expresar los niveles de expresión de forma relativa. Sin embargo, la selección de genes de referencia, no siempre se realiza de forma adecuada, puesto que su expresión puede variar en función de las condiciones experimentales o biológicas. En este estudio se analiza el papel de 5 genes de referencia utilizados de forma clásica en ensayos de expresión génica de tejido adiposo blanco teniendo en cuenta la variable biológica del sexo, variable que históricamente no se ha incluido en los diseños experimentales, mediante un metaanálisis de estudios publicados tanto en humano como en ratón.
Los resultados indicaron que algunos de los marcadores que clásicamente se habían utilizado como genes de referencia en tejido adiposo blanco en humanos presentan expresión diferencial entre hombres y mujeres (18S), mientras que otros, tanto clásicos (RPL19, PPIA), como noveles (RPS8, UBB) sí son buenos candidatos como genes de referencia a la hora de comparar la expresión génica del tejido adiposo blanco en hombres y mujeres. Estos resultados fueron validados experimentalmente mediante PCR cuantitativa tanto en humano como en ratón, y suponen un avance en el uso de genes de referencia en el que se incluyan muestras de ambos sexos.
Este trabajo liderado por Francisco García, Deborah Burks y Amparo Galán se ha realizado combinando una estrategia computacional de análisis masivo de datos con una validación experimental en el laboratorio de los resultados. El estudio, además, incorporó el diseño de una herramienta web (Metafun-HKG) disponible para su consulta y utilización en futuros ensayos.
Deciphering the Sex Bias in Housekeeping Gene Expression in Adipose Tissue: a Comprehensive Meta-analysis of Transcriptomic Studies.M Guaita-Cespedes, R Grillo-Risco, MR Hidalgo, S Fernández-Veledo, DJ Burks, M de la Iglesia-Vaya, A Galan*, F Garcia-Garcia*. Biology of Sex Differences, 2023 Apr 18;14(1):20. doi: 10.1186/s13293-023-00506-x.
