Evaluación del sesgo de sexo de los Genes Housekeeping en el tejido adiposo mediante análisis masivo de datos transcriptómicos
05/04/2022
Un equipo multidisciplinar del CIPF, liderado por Francisco García y Amparo Galán, en colaboración con IIS La Fe y FISABIO, ha llevado a cabo una novedosa estrategia computacional basada en el análisis masivo de datos y técnicas de metaanálisis, demostrando que ciertos genes housekeeping (HKG) clásicos no funcionan adecuadamente como controles en ambos sexos, al analizar el tejido adiposo humano.
Los resultados detallan qué grupos de estos clásicos HKG están sesgados por sexo y cuáles no lo están. Además se han revisado y propuesto nuevos candidatos HKG que pueden ser de utilidad en los experimentos de la comunidad científica. Los resultados están disponibles en el recurso web abierto https://bioinfo.cipf.es/metafun-HKG para su consulta y reutilización en estudios posteriores.
Como se supone que los genes HKG generalmente están involucrados en el mantenimiento de las funciones celulares esenciales, exhiben niveles de expresión constantes en todos los tipos de células. Por ello se emplean comúnmente como controles internos en estudios de expresión génica. Sin embargo, múltiples estudios indican que no todos los HKG muestran una expresión estable en células y tejidos y en diversas condiciones sanas y enfermas, lo que puede introducir errores sistemáticos en los resultados experimentales.
En este estudio se han evaluado los perfiles de seis HKG clásicos, cuatro metabólicos: GAPDH, HPRT, PPIA y UBC, y dos ribosomales: 18S y RPL19, así como un extenso grupo de nuevos potenciales HKG para determinar la estabilidad de la expresión en tejidos y comprobar si presentan un perfil diferencial por sexo, así su idoneidad general como controles internos. La selección y validación de HKG como controles para cada condición estudiada representan pasos cruciales para garantizar la validez de los resultados obtenidos; desafortunadamente, hasta ahora el sexo no se ha considerado típicamente como una variable biológica en la evaluación del papel de los HKG.
